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中国科学技术史大家李约瑟在初版于1954年的巨著《中国的科学和文明》的第一卷的前言里曾经提出了一个著名的设问：“为什么,就广义来说,中国的科学持续地保持在一个实证的层面,而其理论则始终被局限在原始或中世纪的形态?”关于中国为什么没有产生现代科学这个老问题,曾有过很多的答案,一般认为中国古代的科学成就主要是“技术”成就,而不是现代意义上,基于实证研究而又加以理论化的各个现代自然科学门类.在1981年作于香港中文大学的“钱宾四先生学术讲座”,后来集结为《传统中国的科学》一书中,李约瑟把西方现代科学的特征概括为应用数学方法对对自然进行假设；全面理解和应用实验方法；区分独立于观察者的第一特性（primary qualities）,例如运动和形状,和与观察者的感官相关的第二特性（secondary qualities）,例如颜色和气味；以及对公开出版的科学数据的系统积累.对这个问题的追溯,并不一定旨在分别高下,但思考这一问题确实会涉及中国古代思想中一些值得审视的、带根本性的思维特质.值得注意的是,李约瑟本人其实也提出了很多具有启发性的解答.
在《中国现代思想的起源》中,思想史学者金观涛和刘青峰提到,中国文化中有一种“常识合理精神”,就是视一切自然现象为天然合理,不需要去追问其背后的肌理.例如,中国人从来没有提出甚至思考过苹果“为什么”会掉到地上这个问题.对中国人来说,苹果掉了就掉了,从来都会往下掉,怎么可能成为问题呢?在我看来,这种对“理所当然”的事情不去追问,认为“存在本身就是答案”的弱点,不仅阻碍中国古代自然科学的发展,还极大阻碍当代中国人对各种问题的深入思考能力.西方的人文社会科学研究中强调“problematize”（问题化）,就是主张和鼓励把一些习以为常的定见加以批判的审视,重新评价,不断深入和推陈出新.不能认识到这个特点,就难以理解西方学界何以新见迭出.举个新近的例子,中国学者几乎全部认为中国是一个“统一的多民族国家”,中国的历史就是一部不断“统一”和汉化的历史,因此,当西方学者挑战这种意识形态的时候,提出中国也有一部殖民和征服历史的时候,中国学者就会在情感上非常愤怒.但是,这里的愤怒忽视了一个问题：中国学者自己接受某种意识形态教条,不等于西方学者无权去“问题化”一个论题,中国学者可以就此在学术层面和西方学者辩论,却不能从根本上剥夺他人自由思考的权利.
还有一个问题就是抽象思维能力的相对薄弱.这一点,现代新儒家哲学家牟宗三早在1942年就已经发现了.他在《阴阳家与科学》一文中说：“中国学人考物论事,永不能越乎官觉之具体事物.以囿于具体,故永为粗陋之描述或想象,以此亦永不能进于抽象而至概念.”这种抽象思维能力,其实正是今天西方学界喜言的conceptualization,概念化.而概念化能力的缺失,是当代西方人文学界对当代中国人文学界的主要诟病.中国古代的水利工程、运河修筑、森林砍伐都是对自然秩序的积极干预和改造,但这种干预和改造仍然停留在技术层面,理论阐解框架是薄弱的.当然,中国传统思维中也并非只注重观察和实证,完全不追问自然现象的起因,如牟宗三所批判的那样“没有抽象感”,但是其抽象思维又往往是含混和过于宽泛的.例如：从荀子开始,到王充,到张载,再到明朝宋应星、谢肇淛,都提出一种有别于人文化的“天理”的“气”概念,甚至把“气”作为本体.但是,“气”本身又是一个高度含混的概念,它既指物质,又指能量,又指人的生命力,因此,在英文中,一个著名学者试图囊括这些概念的翻译是“matter-energy-vitality”,其实这还不够,因为古人所说的“气”也包括呼吸、空气、大气.那么,“matter-energy-vitality-air-breath-atmosphere”已经成为一个无所不包、没有现代科学严谨性的一个概念.明代学者谢肇淛在试图解释彩虹这一现象的时候,认为彩虹是一种“气”,它有形却无实,但又能饮干井水,似乎又是具有意志和能力的存在.同样是在明朝,思想家湛若水在《金台答问录》中也写道：“人与鬼神皆是一体,皆是宇宙中一气,故有感应.”这里体现的都是中国思想中人和物的混同、自然的拟人化和虚与实边界的模糊.很明显,即使摆脱了“天理”的束缚,体认到“气”的本体性质,中国古代思想的解释能力仍然明显不足.因此,在一个精研两种《道德经》版本：先秦小篆本和西汉隶书版（马王堆出土）的英文著作中,这名美国学者只能把气这个难以定义的词音译成“chi”了.相对atmosphere（大气）来说,“气”仍然更接近一个玄学概念.
显然,万物混一和交互影响是中国古人难以超越的一种思维定势.这种把人世和自然界混为一体的做法,更不可能让中国古人把物质世界本身再进行细分,而这一点正是缺少了李约瑟提到的、欧洲思想中对独立于观察者的物质客观性状的描述.中国式的万物在某种等级秩序内相互关联的思维方式,被李约瑟称为“有机自然主义”（organic naturalism）.在李约瑟看来,西方的“形而上学唯心主义”（metaphysical idealism）和“机械的”（mechanic）世界观（宇宙像一个巨大而合理的钟表）在中国不占主流位置.钱穆也曾经说过,西方文化的特点是“分”,中国文化的特点是“合”.这种“合”的倾向在人文政治领域倒是能造就大人物和通人,但不利于细致和深入的现代科学的形成.
中国抽象思维的另一个陷阱是阴阳五行学说.阴阳五行学说也是一种自然主义思想,可以把客观世界看作独立于人的情感的客体.《老子》和《荀子》其实也都有关于“天地不仁”或“天行有常”观念,但这种学说的问题却在于,它导致哪怕最客观的中国古代自然科学家都难免用阴阳的平衡互换、五行的分布来化约地解释物质世界的一切原理,不可能得出类同于西方理论的结论.即使个别中国古代科学家可以达到类似于世界由基本粒子构成这样的理论思考,也仍然不能摆脱阴阳五行学说这一根本的阐释框架,另外,对类似基本粒子的物质的认识也只能停留在初步的、零散的玄想,既不能通过实验加以验证,也没有后来的学者在此基础上发展和完善.
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